Video: Kā darbojas Sangera DNS sekvencēšana?
2024 Autors: Stanley Ellington | [email protected]. Pēdējoreiz modificēts: 2023-12-16 00:20
Sangera sekvencēšana rezultātā veidojas dažāda garuma pagarinājuma produkti, kas beidzas ar dideoksinukleotīdiem 3' galā. Pēc tam pagarinājuma produkti tiek atdalīti ar kapilāru elektroforēzi vai CE. Molekulas ar elektrisko strāvu injicē garā stikla kapilārā, kas piepildīts ar gēla polimēru.
Šādā veidā kāda ir Sangera DNS sekvencēšanas metode?
Sangera sekvencēšana , kas pazīstams arī kā ķēdes pārtraukšana metode , ir tehnika DNS sekvencēšana pamatojoties uz selektīvu ķēdi pārtraucošo dideoksinukleotīdu (ddNTP) iekļaušanu DNS polimerāze in vitro laikā DNS replikācija. To izstrādāja Frederiks Sanger un kolēģi 1977. gadā.
Kā arī darbojas ķēdes pārtraukšanas secība? Sangera DNS sekvencēšana ir pazīstams arī kā ķēde - izbeigšanu metode sekvencēšana . ddNTP rezultātā izbeigšanu DNS virknes, jo ddNTP trūkst 3'-OH grupas, kas nepieciešama fosfodiestera saites veidošanai starp nukleotīdiem. Bez šīs saites, ķēde veidojas nukleotīdi izbeigts.
Vienkārši tā, kāpēc mēs veicam Sangera sekvencēšanu?
Sangera sekvencēšana ir a metode no DNS sekvencēšana pamatojoties uz ķēdes beigu dideoksinukleotīdu selektīvu iekļaušanu DNS polimerāze in vitro laikā DNS replikācija. Tam joprojām ir priekšrocības salīdzinājumā ar īsu lasīšanu sekvencēšana tehnoloģijas (piemēram, Illumina), ka tas var ražot DNS secība > 500 nukleotīdi.
Vai Sangera secība ir precīza?
Sangera secība ar 99,99% precizitāte ir “zelta standarts” klīniskajiem pētījumiem sekvencēšana . Tomēr jaunākas NGS tehnoloģijas kļūst izplatītas arī klīnisko pētījumu laboratorijās, jo tām ir lielākas caurlaides spējas un zemākas izmaksas par vienu paraugu.
Ieteicams:
Kāda ir DdNTP funkcija DNS sekvencēšanā?
DdNTP ietver ddATP, ddTTP, ddCTP un ddGTP. DdNTP ir noderīgi DNS struktūras analīzē, jo tas aptur DNS virknes polimerizāciju DNS replikācijas laikā, veidojot dažāda garuma DNS virknes, kas replikētas no šablona virknes
Kā PCR spēlē dideoksi DNS sekvencēšanā?
Kā PCR ir nozīme dideoksi DNS sekvencēšanā? PCR izmantošana ļauj noteikt DNS sintēzes līmeņus no daudz zemākiem DNS šablona līmeņiem. Kāpēc dideoksinukleotīda iekļaušana DNS sekvencēšanas laikā tiek identificēta kā “replikācijas izbeigšanas” notikums?
Kāpēc mēs izmantojam Sangera secību?
Sangera sekvencēšana ir efektīva pieeja variantu skrīninga pētījumiem, ja kopējais paraugu skaits ir mazs. Variantu skrīninga pētījumiem, kur paraugu skaits ir liels, amplikonu sekvencēšana ar NGS ir efektīvāka un rentablāka
Cik precīza ir Sangera sekvencēšana?
Sangera sekvencēšana ar 99,99% precizitāti ir “zelta standarts” klīnisko pētījumu sekvencēšanai. Tomēr jaunākas NGS tehnoloģijas kļūst izplatītas arī klīnisko pētījumu laboratorijās, jo tām ir lielāka caurlaidspēja un zemākas izmaksas par paraugu
Kāda ir atšķirība starp Sangera sekvencēšanu un nākamās paaudzes sekvencēšanu?
Nākamās paaudzes sekvencēšanas (NGS) tehnoloģijas ir līdzīgas. Kritiskā atšķirība starp Sangersequencing un NGS ir secības apjoms. Kamēr Sangera metode vienā laikā sekvencē tikai vienu DNS fragmentu, NGS ir masveidā paralēla, vienā gājienā vienlaikus secinot miljoniem fragmentu